Yahoo関連サービスのサイトは、自然検索の枠とは別で、表示される場所が確保されています。（スポンサーサイト枠よりも上に、赤いY!マークと共に表示されます）

基本的には、自然検索の領域において、人間が個別に順位をコントロールするようなことはありません。（もしこっそりやっているとしてもひた隠しにするでしょう）

ただし、直接的に人間がコントロールしている訳ではなく、結果的に有利になっていることは十分にありえます。

例えば、検索エンジンの評価基準のひとつに「ドメインに対する信頼度」のようなものがあります。そういう意味では、Yahooドメインで運営されているサイトは有利になります。

もうひとつ、Yahooカテゴリ登録サイトが優遇されていることは間違いないです。
これもやはり、「Yahooの審査基準を達した信頼性の高いサイトである」という判断に基づいて、アルゴリズムに組み込まれているのであり、人間が個別にコントロールしている訳ではないはずです。

Yahooの検索エンジンはディレクトリ型ですので、Yahooカテゴリ登録サイトもしくは、
知名度が高いサイトが上位に表示されやすくなっております。
現在は、ロボット型検索エンジンに近づいてきております。

ディレクトリ型検索エンジンとは・・・
エディタと呼ばれる人の審査により合格したサイトのみが登録され、
ロボット型に比べ登録サイト数は少ないですが、内容の質は高くなっております。